Jika disetujui, permohonan perpanjangan jangka waktu diberikan untuk paling lama 1 (satu) bulan sejak berakhirnya jangka waktu (2 bulan) dan dikenai biaya permohonan perpanjangan berdasarkan ketentuan perundang-undangan di bidang penerimaan negara bukan pajak yang berlaku pada Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.
Jika Pemohon tidak memberikan tanggapan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, maka dalam waktu 2 (dua) bulan, Direktorat Paten, DTLST dan RD, memberitahukan kepada Pemohon bahwa Permohonan dianggap ditarik kembali.
1. Pemohon harus memberikan jawaban atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif.
2. Tanggapan atas Jawaban dapat mencakup penjelasan, sanggahan, tambahan informasi, perubahan, perbaikan, dan/atau pemenuhan kekurangan atas pemberitahuan.
3. Perubahan dan/atau perbaikan dapat dilakukan sepanjang tidak memperluas lingkup Invensi yang diajukan semula.
Direktorat Paten, DTLST, dan RD dalam waktu paling lambat 2 (dua) bulan memberitahukan secara tertulis bahwa Permohonan ditolak.
Pemohon harus menyampaian salinan dokumen yang diminta dapat disertai tambahan penjelasan secara terpisah oleh Pemohon.
1. Dalam hal Pemohon atau Kuasa memberikan tanggapan atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, pemeriksa harus mempertimbangkan tanggapan tersebut.
2. Apabila tanggapan masih belum memenuhi ketentuan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, Pemeriksa dapat memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau Kuasa yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
3. Dalam hal tanggapan memuat perubahan terhadap Klaim, Pemeriksa harus memeriksa perubahan klaim tersebut.
4. Dalam hal perubahan Klaim tersebut tidak memenuhi ketentuan, Pemeriksa harus memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau kuasanya, yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
5. Pemberitahuan harus memuat secara jelas dan rinci disertai dengan alasan dan acuan pembanding yang digunakan dalam pemeriksaan substantif.
6. Pemberitahuan tersebut dapat juga memuat saran untuk perbaikan.
Dalam hal pemeriksaan substantif dilakukan terhadap permohonan dengan Hak Prioritas, Pemeriksa dapat meminta kepada Pemohon dan/atau kantor Paten di
Negara asal Hak Prioritas atau di negara lain mengenai kelengkapan dokumen berupa:
1. salinan sah surat yang berkaitan dengan hasil pemeriksaan substantif yang dilakukan terhadap Pemohon Paten yang pertama kali di luar negeri;
2. salinan sah dokumen Paten yang telah diberikan sehubungan dengan Permohonan Paten yang pertama kali di luar negeri;
3. salinan sah keputusan mengenai penolakan atas Permohonan Paten yang pertama kali di luar negeri dalam hal Permohonan Paten dimaksud ditolak;
4. salinan sah keputusan penghapusan Paten yang pernah dikeluarkan di luar negeri dalam hal Paten dimaksud pernah dihapuskan; dan/atau
5. dokumen lain yang diperlukan.
6. Dalam hal kelengkapan dokumen berbahasa asing, Pemeriksa dapat meminta terjemahan dalam bahasa inggris atau bahasa Indonesia.
7. dokumen-dokumen terebut diatas dapat dijadikan dasar pertimbangan pemeriksa dalam memberikan keputusan menyetujui atau menolak permohonan dengan hak prioritas.
1. Apabila selama proses pemeriksaan substantif, Pemeriksa menilai suatu Permohonan terdiri atas beberapa Invensi atau beberapa kelompok Invensi yang tidak merupakan satu kesatuan Invensi sehingga perlu dilakukan Divisional Permohonan maka Pemeriksa memberitahukan kepada Pemohon atau Kuasa untuk melakukan Divisional Permohonan.
2. Pengajuan Divisional Permohonan dilakukan paling lama 3 (tiga) bulan sejak tanggal surat jawaban Pemohon setuju untuk Divisional Permohonan.
3. Dalam jangka waktu tersebut, Pemeriksa tidak boleh memberikan keputusan akhir Permohonan Paten semula.
1. Permohonan pemeriksaan substantif dan pembayaran biaya terhadap perubahan Permohonan dari Paten ke Paten sederhana atau sebaliknya harus diajukan bersamaan dengan pengajuan perubahan Permohonan dari Paten ke Paten sederhana atau sebaliknya.
2. Dalam hal permohonan pemeriksaan substantif dan pembayaran biaya tidak diajukan bersamaan dengan perubahan Permohonan dari Paten ke Paten sederhana atau sebaliknya , perubahan permohonan dari Paten ke Paten sederhana atau sebaliknya dianggap ditarik kembali.
Invensi tidak dianggap telah diumumkan jika dalam waktu paling lama 6 (enam) bulan sebelum Tanggal Penerimaan, Invensi telah:
    a. dipertunjukkan dalam suatu pameran resmi atau dalam suatu pameran yang diakui sebagai pameran resmi, baik yang diselenggarakan di Indonesia maupun di luar negeri;
    b. digunakan di Indonesia atau di luar negeri oleh Inventornya dalam rangka percobaan dengan tujuan penelitian dan pengembangan; dan/ atau
    c. diumumkan oleh Inventornya dalam:
        1. Sidang ilmiah dalam bentuk ujian dan/atau tahap ujian skripsi, tesis, disertasi, atau karya ilmiah lain; dan/atau
        2. forum ilmiah lain dalam rangka pembahasan hasil penelitian di lembaga pendidikan atau lembaga penelitian. (2) Invensi juga tidak dianggap telah diumumkan apabila dalam waktu 12 (dua belas) bulan sebelum Tanggal Penerimaan, ada pihak lain yang mengumumkan dengan cara melanggar kewajiban untuk menjaga kerahasiaan Invensi tersebut.
merupakan teknologi yang telah diumumkan di Indonesia atau di luar Indonesia dalam suatu tulisan, uraian lisan atau melalui peragaan, penggunaan, atau dengan cara lain yang memungkinkan seorang ahli untuk melaksanakan Invensi tersebut sebelum:
a. Tanggal Penerimaan; atau
b. tanggal prioritas dalam hal Permohonan diajukan dengan Hak Prioritas.
jika pada Tanggal Penerimaan, Invensi tersebut tidak sama dengan teknologi yang diungkapkan sebelumnya.
meliputi:
a. proses atau produk yang pengumuman, penggunaan, atau pelaksanaannya bertentangan dengan peraturan perundang-undangan, agama, ketertiban umum, atau kesusilaan;
b. metode pemeriksaan, perawatan, pengobatan dan/atau pembedahan yang diterapkan terhadap  manusia dan/ atau hewan;
c. teori dan metode di bidang ilmu pengetahuan dan matematika;
d. makhluk hidup, kecuali jasad renik; atau
e. proses biologis yang esensial untuk memproduksi tanaman atau hewan, kecuali proses nonbiologis atau proses mikrobiologis.
Paten diberikan untuk Invensi yang baru, mengandung langkah inventif, dan dapat diterapkan dalam industri.
Tidak. Invensi dapat dipatenkan jika invensi tersebut:
1. Baru. Jika pada saat pengajuan permohonan Paten invensi tersebut tidak sama dengan teknologi yang diungkapkan sebelumnya;
2. Mengandung langkah inventif. Jika invensi tersebut merupakan hal yang tidak dapat diduga sebelumnya bagi seseorang yang mempunyai keahlian tertentu di bidang teknik;
3. Dapat diterapkan dalam industri. Jika invensi tersebut dapat diproduksi atau dapat digunakan dalam berbagai jenis industri.
Permohonan yang tidak diumumkan dilakukan pemeriksaan substantif dengan tidak dikenai biaya.
1. Permohonan pemeriksaan substantif dan pembayaran biaya terhadap divisional Permohonan harus diajukan bersamaan dengan pengajuan divisional Permohonan.
2. Dalam hal permohonan pemeriksaan substantif dan pembayaran biaya tidak diajukan bersamaan dengan divisional permohonan, divisional Permohonan dianggap ditarik kembali.
Jika invensi tersebut bagi seseorang yang mempunyai keahlian tertentu di bidang  teknik merupakan hal yang tidak dapat diduga sebelumnya, dengna memperhatikan keahlian yang ada pada saat diajukan permohonan pertama dalam hal Permohonan itu diajukan dengan hak prioritas
1. apabila permohonan pemeriksaan substantif tidak diajukan dalam batas waktu dan biaya untuk pemeriksaan substantif tidak dibayar, Permohonan dianggap ditarik kembali.
2. Pemohon kuasanya nendapatkan pemberitahuan secara tertulis, bahwa  Permohonan yang dianggap ditarik kembali.                                                
1. Pemeriksaan substantif Permohonan dilakukan setelah memenuhi persyaratan administrasi Permohonan dan telah selesai masa pengumuman.
2. Pemohon telah melakukan Permohonan pemeriksaan substantif dan membayar biaya berdasarkan ketentuan perundang-undangan di bidang penerimaan negara bukan pajak yang berlaku pada Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.
3. jika permohonan pemeriksaan substantif diajukan sebelum berakhirnya jangka waktu pengumuman, pemeriksaan substantif dilakukan setelah berakhirnya jangka waktu pengumuman.
4. Jika permohonan pemeriksaan substantif diajukan setelah berakhirnya jangka waktu pengumuman , pemeriksaan substantif dilakukan setelah tanggal diterimanya permohonan pemeriksaan substantif tersebut.
Permohonan pemeriksaan substantif diajukan sebelum jangka waktu 36 (tiga puluh enam) bulan terhitung sejak Tanggal Penerimaan.
Permohonan pemeriksaan substantif diajukan secara elektronik melalui laman resmi Direktorat Jenderal Kekayaan Intelektual.
Dalam melakukan pemeriksaan substantif, Menteri dapat meminta bantuan ahli dan/atau menggunakan fasilitas yang diperlukan dari instansi lain untuk keperluan pemeriksaan substantif.
adalah pejabat fungsional Aparatur Sipil Negara atau ahli yang diangkat oleh Menteri dan diberi tugas serta wewenang untuk melakukan pemeriksaan substantif terhadap Permohonan.
1. yang dimaksud dengan Ketentuan lain meliputi tetapi tidak terbatas pada:
    a. kejelasan pengungkapan Invensi;
    b. kesatuan Invensi;
    c. konsistensi pengungkapan Invensi;
    d. Klaim harus didukung oleh Deskripsi;
    e. kecukupan dalam pengungkapan Invensi; dan
    f. kejelasan Klaim.
2. Pemeriksa melakukan pemeriksaan administratif biaya kelebihan Klaim.