Apabila surat bukti penyimpanan jaa renik tidak dilampirkan, wajib dilengkapi paling lambat 3 (tiga) bulan sejak Tanggal Penerimaan dan dapat diperpanjang sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Jika disetujui permohonan perpanjangan jangka waktu diberikan untuk paling lama 2 (dua) bulan sejak berakhirnya jangka waktu (3 bulan) untuk memenanggapi.
Setiap Orang yang akan memanfaatkan Jasad Renik harus mengajukan permohonan tertulis kepada Menteri untuk meminta contoh Jasad Renik yang disimpan di lembaga tempat penyimpanan.
Apabila dalam jangka waktu 2 (dua) bulan,Pemohon belum memanggapi hasil pemeriksaan substantif, Pemohon dapat mengajukan permohonan perpanjangan jangka waktu, secara tertulis disertai dengan alasan.
adalah tanggal diterimanya Permohonan yang telah memenuhi persyaratan minimum.
Yaitu memeriksa kelengkapan persyaratan permohonan serta memeriksa kesesuaian antara data yang tercantum dalam permohonan dengan dokumen persyaratan yang dilampirkan.
Pemeriksaanadministrasi dilakukan dalam jangka waktu 14 (empat belas) Hari terhitung sejak tanggal pengajuan Permohonan diterima.
Dalam hal jumlah halaman Deskripsi melebihi 30 (tiga puluh) halaman, dikenakan biaya tambahan halaman Deskripsi.
Apabila dalam jangka waktu yang telah ditentukan Pemohon tidak melengkapi terjemahan deskripsi dalam Bahasa Indonesia,  maka Permohonan dianggap ditarik kembali.
Permohonan perubahan meliputi:a. data Permohonan; b. Permohonan Paten menjadi Permohonan Paten sederhana atau sebaliknya.
1. Permohonan perubahan yang diajukan oleh Pemohon berbadan hukum dapat dilakukan terhadap:a. nama; danb. alamat lengkap.2. Permohonan perubahan yang diajukan oleh Pemohon tidak berbadan hukum dapat dilakukan terhadap:a. nama;b. alamat lengkap; danc. kewarganegaraan.
Divisonal permohonan adalah pemecahan suatu permohonan paten apabila permohonan tediri atas bebeapa invensi yang tidak merupakan satu kesatuan.
Persyaratan yang harus dilampirkan sama dengan permohonan baru namun untuk :
1. surat kuasa ;2. surat pengalihan hak;                                                                                                                                                                               
3. surat pernyataan kepemilikan invensi;                                                                                                                                                                 
dapat menggunakan foto copy dari permohonan semula.
Divisional Permohonan dapat dilakukan atas inisiatif Pemohon dan/atau atas saran Menteri.
1. Divisional Permohonan dapat diajukan secara terpisah dalam satu Permohonan atau lebih dengan ketentuan bahwa lingkup pelindungan yang dimohonkan dalam setiap Permohonan tersebut tidak memperluas lingkup pelindungan yang telah diajukan dalam Permohonan semula.                                                                                                                                       
2.  Divisional Permohonan, yang telah memenuhi persyaratan dianggap memiliki Tanggal Penerimaan yang sama dengan Tanggal Penerimaan semula.3. Terhadap divisional Permohonan tanggal dan nomor pengumuman merujuk Permohonan semula.4. Divisional Permohonan dikenai biaya.5. Dalam hal divional permohonan dajukan, maka biaya pemeriksaan substantif harus dibayar pada saat pengajuan divisional permohonan.
Jika disetujui, permohonan perpanjangan jangka waktu diberikan untuk paling lama 1 (satu) bulan sejak berakhirnya jangka waktu (2 bulan) dan dikenai biaya permohonan perpanjangan berdasarkan ketentuan perundang-undangan di bidang penerimaan negara bukan pajak yang berlaku pada Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.
Jika Pemohon tidak memberikan tanggapan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, maka dalam waktu 2 (dua) bulan, Direktorat Paten, DTLST dan RD, memberitahukan kepada Pemohon bahwa Permohonan dianggap ditarik kembali.
1. Pemohon harus memberikan jawaban atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif. 2. Tanggapan atas Jawaban dapat mencakup penjelasan, sanggahan, tambahan informasi, perubahan, perbaikan, dan/atau pemenuhan kekurangan atas pemberitahuan. 3. Perubahan dan/atau perbaikan dapat dilakukan sepanjang tidak memperluas lingkup Invensi yang diajukan semula.
Direktorat Paten, DTLST, dan RD dalam waktu paling lambat 2 (dua) bulan memberitahukan secara tertulis bahwa Permohonan ditolak.
Upaya hukum atas penolakan Permohonan, diajukan ke Komisi Banding Paten.
Pemohon dapat mengajukan permohonan paten melalui Direktorat paten, DTSLST dan RD ke satu atau lebih negara yang turut serta meratifikasi traktat kerja sama.
Pemohon harus menyampaian salinan dokumen yang diminta dapat disertai tambahan penjelasan secara terpisah oleh Pemohon.
Pemohon dapat mengajukan permohonan paten dari kantor kekayaan intelektual dari satu negara yang turut serta meratifikasi traktat kerja sama ke Indonesia melalui biro internasional.
Penarikan kembali Permohonan diajukan oleh Pemohon atau Kuasanya.
1. Dalam hal Pemohon atau Kuasa memberikan tanggapan atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, pemeriksa harus mempertimbangkan tanggapan tersebut.
2. Apabila tanggapan masih belum memenuhi ketentuan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, Pemeriksa dapat memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau Kuasa yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
3. Dalam hal tanggapan memuat perubahan terhadap Klaim, Pemeriksa harus memeriksa perubahan klaim tersebut.
4. Dalam hal perubahan Klaim tersebut tidak memenuhi ketentuan, Pemeriksa harus memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau kuasanya, yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
6. Pemberitahuan harus memuat secara jelas dan rinci disertai dengan alasan dan acuan pembanding yang digunakan dalam pemeriksaan substantif.
7. Pemberitahuan tersebut dapat juga memuat saran untuk perbaikan.