Upaya hukum atas penolakan Permohonan, diajukan ke Komisi Banding Paten.
Pemohon harus menyampaian salinan dokumen yang diminta dapat disertai tambahan penjelasan secara terpisah oleh Pemohon.
Dalam hal Pemohon atau Kuasa tidak memberikan jawaban atas permintaan pemeriksa untuk melakukan divisonal permohonan, pemeriksa  hanya memeriksa kelompok Invensi yang pertama.
1. Perubahan terhadap Deskripsi tentang Invensi dan/atau Klaim atau beberapa Klaim Invensi dapat dilakukan dengan ketentuan perubahan tersebut tidak memperluas lingkup Invensi yang telah diajukan dalam Permohonan semula.
2. Dalam hal perubahan dilakukan dengan menambah jumlah Klaim dari Permohonan semula menyebabkan jumlah Klaim menjadi lebih dari 10 (sepuluh) Klaim maka Pemohon dikenai biaya terhadap klaim tersebut.
3. Besarnya 
biaya ditetapkan berdasarkan ketentuan perundang-undangan di bidang penerimaan Negara bukan pajak yang berlaku pada Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.
4. Pembayaran biaya dilakukan bersamaan dengan pengajuan perubahan Klaim.
Jika disetujui, permohonan perpanjangan jangka waktu diberikan untuk paling lama 1 (satu) bulan sejak berakhirnya jangka waktu (2 bulan) dan dikenai biaya permohonan perpanjangan berdasarkan ketentuan perundang-undangan di bidang penerimaan negara bukan pajak yang berlaku pada Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.
Pemeriksaan terhadap invensi/paten yang didaftarkan dalam rangka menilai pemenuhan atas syarat: baru, langkah inventif dan dapat diterapkan dalam industri, serta memenuhi ketentuan kesatuan invensi, diungkapkan secara jelas, dan tidak termasuk dalam kategori invensi yang tidak dapat diberi paten
Adalah pemeriksaan invensi oleh pemeriksa paten meliputi pemeriksaan mengenai kebaruan Invensi, mengandung langkah inventif, dapat diterapkan dalam industri, serta memenuhi ketentuan lain sesuai peraturan perundang-undangan untuk memutuskan ditolak atau disetujuinya suatu permohonan paten
Dalam melakukan pemeriksaan substantif, Menteri dapat meminta bantuan ahli dan/atau menggunakan fasilitas yang diperlukan dari instansi lain untuk keperluan pemeriksaan substantif.
Jika Pemohon tidak memberikan tanggapan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, maka dalam waktu 2 (dua) bulan, Direktorat Paten, DTLST dan RD, memberitahukan kepada Pemohon bahwa Permohonan dianggap ditarik kembali.  
1. Pemohon harus memberikan jawaban atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif.                                                                                                                      
2. Tanggapan atas Jawaban dapat mencakup penjelasan, sanggahan, tambahan informasi, perubahan, perbaikan, dan/atau pemenuhan kekurangan atas pemberitahuan.                                                                                                              
3. Perubahan dan/atau perbaikan dapat dilakukan sepanjang tidak memperluas lingkup Invensi yang diajukan semula.
1. Dalam hal Pemohon atau Kuasa memberikan tanggapan atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, pemeriksa harus mempertimbangkan tanggapan tersebut.
2.  Apabila tanggapan masih belum memenuhi ketentuan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, Pemeriksa dapat memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau Kuasa yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
3. Dalam hal tanggapan memuat perubahan terhadap Klaim, Pemeriksa harus memeriksa perubahan klaim tersebut.
4. Dalam hal perubahan Klaim tersebut tidak memenuhi ketentuan, Pemeriksa harus memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau kuasanya, yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
6. Pemberitahuan harus memuat secara jelas dan rinci disertai dengan alasan dan acuan pembanding yang digunakan dalam pemeriksaan substantif.
7. Pemberitahuan tersebut dapat juga memuat saran untuk perbaikan.
Permohonan pemeriksaan substantif diajukan secara elektronik melalui akun paten.dgip.go.id
Dalam hal pemeriksaan substantif dilakukan terhadap permohonan dengan Hak Prioritas, Pemeriksa dapat meminta kepada Pemohon dan/atau kantor Paten di
Negara asal Hak Prioritas atau di negara lain mengenai kelengkapan dokumen berupa:
1. salinan sah surat yang berkaitan dengan hasil pemeriksaan substantif yang dilakukan terhadap Pemohon Paten yang pertama kali di luar negeri;
2. salinan sah dokumen Paten yang telah diberikan sehubungan dengan Permohonan Paten yang pertama kali di luar negeri;
3. salinan sah keputusan mengenai penolakan atas Permohonan Paten yang pertama kali di luar negeri dalam hal Permohonan Paten dimaksud ditolak;
4. salinan sah keputusan penghapusan Paten yang pernah dikeluarkan di luar negeri dalam hal Paten dimaksud pernah dihapuskan; dan/atau
5. dokumen lain yang diperlukan.                                                                                                                                                      
6. Dalam hal kelengkapan dokumen berbahasa asing, Pemeriksa dapat meminta terjemahan dalam bahasa inggris atau bahasa Indonesia.                                                                                                                                                              
7. dokumen-dokumen terebut diatas dapat dijadikan dasar pertimbangan pemeriksa dalam memberikan keputusan menyetujui atau menolak permohonan dengan hak prioritas.
1. apabila permohonan pemeriksaan substantif tidak diajukan dalam batas waktu dan biaya untuk pemeriksaan substantif tidak dibayar, Permohonan dianggap ditarik kembali.
2. Pemohon/kuasanya mendapatkan pemberitahuan secara tertulis, bahwa Permohonan yang dianggap ditarik kembali.
Permohonan yang tidak diumumkan dilakukan pemeriksaan substantif dengan tidak dikenai biaya.
1. Apabila selama proses pemeriksaan substantif, Pemeriksa menilai suatu Permohonan terdiri atas beberapa Invensi atau beberapa kelompok Invensi yang tidak merupakan satu kesatuan Invensi sehingga perlu dilakukan Divisional Permohonan maka Pemeriksa memberitahukan kepada Pemohon atau Kuasa untuk melakukan Divisional Permohonan.
2. Pengajuan Divisional Permohonan dilakukan paling lama 3 (tiga) bulan sejak tanggal surat jawaban Pemohon setuju untuk Divisional Permohonan.
3. Dalam jangka waktu tersebut, Pemeriksa tidak boleh memberikan keputusan akhir Permohonan Paten semula.
Pemohon dapat mengajukan percepatan pemeriksaan substantif berdasarkan kerja sama regional dengan ketentuan:
1. Pemohon harus melengkapi persyaratan administrasi permohonan; dan
2. Permohonan percepatan diajukan paling lambat sebelum dikeluarkan hasil pemeriksaan substantif tahap akhir.
Pemohon dapat mengajukan percepatan pemeriksaan substantif berdasarkan kerja sama bilateral dengan ketentuan:
1. Pemohon harus melengkapi persyaratan administrasi permohonan percepatan dan membayar biaya sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan;
2. Permohonan tersebut telah selesai diumumkan di laman resmi Direktorat Jenderal Kekayaan Intelektual dengan melampirkan bukti pengajuan dan pembayaran biaya pemeriksaan substantif; dan
3. Permohonan percepatan diajukan paling lambat sebelum dikeluarkan hasil pemeriksaan substantif tahap awal.
Jika invensi tersebut bagi seseorang yang mempunyai keahlian tertentu di bidang teknik merupakan hal yang tidak dapat diduga sebelumnya, dengna memperhatikan keahlian yang ada pada saat diajukan permohonan pertama dalam hal Permohonan itu diajukan dengan hak prioritas
jika invensi tersebut dapat dilaksanakan dalam industri. Apabila invensi berbentuk produk maka Produk harus mampu dibuat berulang-ulang (secara massal) dengan kulitas yang sama, apabila berbentuk Proses harus mampu dijalankan atau digunakan dalam praktik
Deskripsi tentang Invensi harus mengungkapkan secara jelas dan lengkap tentang bagaimana Invensi tersebut dapat dilaksanakan oleh orang yang ahli di bidangnya.
Klaim atau beberapa Klaim Invensi harus mengungkapkan secara jelas dan konsisten atas inti Invensi, dan didukung oleh Deskripsi
1. Pemeriksa memberikan keputusan untuk menyetujui atau menolak Permohonan Paten paling lama 30 (tiga puluh) bulan terhitung sejak:                                                                   
a. tanggal diterimanya surat Permohonan pemeriksaan substantif apabila Permohonan pemeriksaan substantif diajukan setelah berakhirnya jangka waktu pengumuman; atau
b. berakhirnya jangka waktu pengumuman apabila Permohonan pemeriksaan substantif diajukan sebelum berakhirnya jangka waktu pengumuman.
2. Dalam hal Permohonan telah dilakukan pemeriksaan substantif, Pemeriksa memberitahukan secara tertulis kepada Pemohon keputusan untuk menyetujui atau menolak Permohonan.
3. Paten yang diberikan oleh Menteri dicatat dan diumumkan melalui media elektronik.
1. Tim ahli melakukan pemeriksaan terhadap kebenaran bukti terhadap permohonan Lisensi-wajib yang telah memenuhi persyaratan;
2. Pemeriksaan dilakukan dalam jangka waktu paling lama 70 (tujuh puluh) Hari terhitung sejak tanggal dibentuk tim ahli;
3. Dalam jangka waktu pemeriksaan, tim ahli melalui Direktur Jenderal memberitahukan hasil pemeriksaan substantif permohonan Lisensi-wajib tersebut kepada Pemohon Lisensi-wajib atau Kuasanya dan kepada Pemegang Paten atau Kuasanya;
4. Dalam jangka waktu paling lama 30 (tiga puluh) Hari sejak tanggal pemberitahuan pemeriksaan pemberitahuan pemeriksaan, tim ahli wajib mendengarkan keterangan Pemegang Paten atau Kuasanya dan Pemohon Lisensi-wajib atau Kuasanya;
5. Dalam jangka waktu pemeriksaan, tim ahli mendengar pendapat dari instansi atau pihak terkait di bidang Paten yang dimohonkan Lisensi-wajib;
6. Dalam jangka waktu pemeriksaan, tim ahli dapat meminta pendapat ahli di bidang Paten yang dimohonkan Lisensi wajib;
7. Tim ahli mengambil keputusan hasil pemeriksaan substantif secara tertulis dengan suara terbanyak;
8. Hasil pemeriksaan substantif yang dilakukan oleh tim ahli dilaporkan kepada Menteri dalam jangka waktu paling lama 3 (tiga) Hari terhitung sejak pemeriksaan selesai dilakukan.
Apabila dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan Pemohon belum melengkapi dokumen kelengkapan persyaratan, Pemohon dapat mengajukan permohonan perpanjangan jangka waktu secara tertulis dengan disertai alasan