Pelaksanaan paten oleh pemerintah yang berkaitan dengan pertahanan dan keamanan negara meliputi:
1. senjata api;
2. amunisi;
3. bahan peledak militer;
4. intersepsi;
5. penyadapan;
6. pengintaian;
7. perangkat penyandian dan perangkat analisis sandi; dan/atau
8. proses dan/atau peralatan pertahanan negara lainnya.
Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah yang berkaitan dengan kebutuhan sangat mendesak untuk kepentingan masyarakat meliputi:
1. produk farmasi dan/atau bioteknologi yang harganya mahal dan/atau diperlukan untuk menanggulangi penyakit yang dapat mengakibatkan terjadinya kematian mendadak dalam jumlah yang banyak, menimbulkan kecacatan yang signifikan, dan merupakan Kedaruratan Kesehatan Masyarakat yang Meresahkan Dunia (KKMMD);
2. produk kimia dan/ atau bioteknologi yang berkaitan dengan pertanian yang diperlukan untuk ketahanan pangan;
3. obat hewan yang diperlukan untuk menanggulangi hama dan/atau penyakit hewan yang berjangkit sescara luas; dan/ atau
4. proses dan/atau produk untuk menanggulangi bencana alam dan/atau bencana lingkungan hidup. 
Pelaksanaan Paten yang dilakukan sendiri oleh Pemerintah yang mengganggu atau bertentangan dengan kepentingan pertahanan dan keamanan negara meliputi:
a. senjata elektromagnetik;
b. bahan peledak; dan
c. metode dan/atau peralatan lainnya yang mengganggu atau bertentangan dengan kepentingan pertahanan dan keamanan negara.
Dalam hal pelaksanaan Paten oleh pemerintah untuk kebutuhan sangat mendesak bagi kepentingan masyarakat, tidak mengurangi hak Pemegang Paten untuk melaksanakan hak eksklusifnya. 
1. Dalam hal pelaksanaan Paten oleh pemerintah berkaitan dengan pertahanan dan keamanan negara , Pemegang Paten tidak dapat melaksanakan hak eksklusifnya.                                                                                                                                                                                                                                                                                        
2. Dalam hal Pemerintah tidak atau belum bermaksud untuk melaksanakan sendiri Paten, pelaksanaan paten hanya dapat dilakukan oleh Pemegang Paten dengan persetujuan Pemerintah.                                                                                                
3. Pemegang Paten yang Patennya dilaksanakan sendiri oleh Pemerintah dibebaskan dari kewajiban untuk membayar biaya tahunan.         
1. Paten yang mengganggu atau bertentangan dengan kepentingan pertahanan dan keamanan negara hanya dapat dilaksanakan oleh Pemerintah.
2. Pemegang Paten yang Patennya dilaksanakan sendiri oleh Pemerintah dibebaskan dari kewajiban untuk membayar biaya tahunan sampai dengan Paten dapat dilaksanakan.
1. Dalam hal Pemerintah bermaksud melaksanakan paten yang penting bagi pertahanan dan keamanan negara atau bagi kebutuhan sangat mendesak untuk kepentingan masyarakat dan Paten yang mengganggu atau bertentangan dengan kepentingan pertahanan dan keamanan, Pemerintah memberitahukan secara tertulis mengenai hal dimaksud kepada Pemegang paten.
2. Salinan Peraturan Presiden mengenai persetujuan pelaksanaan Paten oleh pemerintah dimaksud dikirim oleh Menteri kepada Pemegang Paten.
3. Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah tersebut dicatat dalam daftar umum paten dan diumumkan melalui media elektronik.
4. Keputusan Pemerintah bahwa suatu paten dilaksanakan sendiri oleh Pemerintah tersebut bersifat final dan mengikat.                                                           
5. Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dimaksud dilakukan dengan memberikan Imbalan yang wajar kepada Pemegang Paten.
6. Pemerintah memberikan Imbalan yang wajar kepada Pemegang Paten sebagai kompensasi atas pelaksanaan Paten oleh Pemerintah.
1. Dalam hal Pemerintah tidak dapat melaksanakan sendiri Paten, yang pelaksanaan paten dilakukan oleh pemerintah, Pemerintah dapat menunjuk pihak ketiga untuk melaksanakan.
2. Pihak ketiga wajib memenuhi persyaratan:
a. memiliki fasilitas dan mampu melaksanakan paten;
b. tidak mengalihkan pelaksanaan paten dimaksud kepada pihak lain; dan
c. memiliki cara produksi yang baik, peredaran, dan
pengawasan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
3. Pemberian Imbalan atas nama pemerintah dilakukan oleh pihak ketiga
yang ditunjuk.
Dapat, namun hanya yang terkait dengan besaran imbalan.                                                                                                           
1. Dalam hal Pemegang Paten tidak menyetujui besaran Imbalan yang diberikan oleh pemerintah, pemegang paten dapat mengajukan gugatan ke Pengadilan Niaga.
2. Gugatan diajukan dalam jangka waktu paling lama 90 (sembilan puluh) Hari terhitung sejak tanggal pengiriman salinan Peraturan Presiden
3. Dalam hal Pemegang Paten tidak mengajukan gugatan, pemegang paten dianggap menerima besarnya Imbalan yang telah ditetapkan.
4. Proses pemeriksaan gugatan tidak menghentikan pelaksanaan paten oleh Pemerintah.
1. Pemegang Paten dibebaskan dari kewajiban pembayaran biaya tahunan atas Paten yang dilaksanakan oleh Pemerintah terhadap paten berkaitan dengan pertahanan dan keamanan negara;
2. Pemegang Paten wajib membayar biaya tahunan terhadap Paten yang dilaksanakan oleh pemerintah atas paten yang merupakan kebutuhan sangat mendesak untuk kepentingan masyarakat.
Tim pelaksanaan paten oleh pemerintah terdiri atas unsur:
a. kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang hukum;
b. kementerian/lembaga yang terkait dengan permohonan pelaksanaan Paten;
c. kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang keuangan;
d. kementerian yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang kesekretariatan negara; dan
e. tenaga ahli.
1. Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dilakukan dengan mengajukan permohonan secara tertulis kepada Menteri oleh menteri/pimpinan lembaga pemerintah non kementerian.
2. Permohonan paling sedikit memuat:
a. objek yang dimohonkan pelaksanaan Paten oleh Pemerintah;
b. judul dan inti Invensi yang ada di klaim Paten; dan
c. alasan pelaksanaan Paten oleh Pemerintah.
3. Permohonan pelaksanaan Paten harus dilakukan pemeriksaan.
4. Pemeriksaan dilakukan terhadap:
a. administratif; dan
b. status hukum pelindungan Paten.
5. Pemeriksaan administratif dilakukan untuk memeriksa kelengkapan permohonan.
6. Pemeriksaan dilakukan dalam jangka waktu paling lama 14 (empat belas) Hari sejak tanggal permohonan diterima.
7. Dalam hal permohonan dinyatakan belum lengkap berdasarkan hasil pemeriksaan, permohonan dikembalikan kepada pemohon untuk dilengkapi.
8. Pemohon harus melengkapi permohonan dalam jangka waktu paling lama 14 (empat belas) Hari sejak tanggal pengembalian permohonan.
9. Dalam hal objek permohonan dinyatakan tidak dilindungi Paten di Indonesia berdasarkan hasil pemeriksaan dan/atau pemohon tidak melengkapi permohonan,
permohonan ditolak.
10. Menteri memberitahukan kepada Pemegang Paten mengenai pengajuan permohonan pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dalam jangka waktu paling lama 5 (lima) Hari sejak permohonan dinyatakan telah memenuhi persyaratan administratif dan terdapat pelindungan Paten.                                                                                     
11. Dalam hal berdasarkan hasil pemeriksaan telah memenuhi persyaratan administratif dan terdapat pelindungan Paten, dibentuk tim yang ditetapkan oleh Menteri.
1. Tim mempunyai tugas memberikan pertimbangan dan menentukan besarnya Imbalan.
2. Tim harus menyelesaikan tugas dalam jangka waktu paling lama 90 (sembilan puluh) Hari terhitung sejak tanggal ditetapkannya keputusan Menteri tentang pembentukan tim.
3. Tim menyampaikan hasil pelaksanaan tugas kepada Menteri.
1. Dalam hal Menteri telah memberikan persetujuan atas hasil pelaksanaan tugas, Menteri menyampaikan hasil pelaksanaan tugas kepada Presiden untuk ditetapkan dengan Peraturan Presiden.                                                           
2. Penyampaian hasil pelaksanaan tugas kepada Presiden dilakukan daiam
jangka waktu paling lama 15 (lima belas) Hari sejak Menteri memberikan persetujuan atas hasil pelaksanaan tugas.                                                          
3. Menteri menyampaikan salinan Peraturan Presiden kepada Pemegang Paten.
4. Menteri mencatat pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dalam daftar umum Paten dan mengumumkannya.
5. Pengumuman dilakukan melalui media elektronik.
1. Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dilakukan dengan memberikan Imbalan yang wajar kepada Pemegang Paten.
2. Pemberian Imbalan merupakan kompensasi atas pelaksanaan Paten oleh Pemerintah.
3. Dalam hal pelaksanaan Paten dilakukan oleh pihak ketiga yang ditunjuk oleh Pemerintah, pemberian Imbalan dilakukan oleh pihak ketiga yang ditunjuk oleh Pemerintah.
4. Pelaksanaan pemberian Imbalan dan besaran Imbalan wajib dicantumkan dalam setiap Peraturan Presiden mengenai penetapan pelaksanaan Paten oleh Pemerintah.
1. Dalam hal Pemerintah bermaksud melaksanakan paten yang penting bagi pertahanan dan keamanan negara atau bagi kebutuhan sangat mendesak untuk kepentingan masyarakat dan Paten yang mengganggu atau bertentangan dengan kepentingan pertahanan dan keamanan, Pemerintah memberitahukan secara tertulis mengenai hal dimaksud kepada Pemegang paten;
2. Salinan Peraturan Presiden mengenai persetujuan pelaksanaan Paten oleh pemerintah dimaksud dikirim oleh Menteri kepada Pemegang Paten;
3. Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah tersebut dicatat dalam daftar umum paten dan diumumkan melalui media elektronik;
4. Keputusan Pemerintah bahwa suatu paten dilaksanakan sendiri oleh Pemerintah tersebut bersifat final dan mengikat;
5. Pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dimaksud dilakukan dengan memberikan Imbalan yang wajar kepada Pemegang Paten;
6. Pemerintah memberikan Imbalan yang wajar kepada Pemegang Paten sebagai kompensasi atas pelaksanaan Paten oleh Pemerintah.
1. Dalam hal Menteri telah memberikan persetujuan atas hasil pelaksanaan tugas, Menteri menyampaikan hasil pelaksanaan tugas kepada Presiden untuk ditetapkan dengan Peraturan Presiden;
2. Penyampaian hasil pelaksanaan tugas kepada Presiden dilakukan daiam
jangka waktu paling lama 15 (lima belas) Hari sejak Menteri memberikan persetujuan atas hasil pelaksanaan tugas;
3. Menteri menyampaikan salinan Peraturan Presiden kepada Pemegang Paten;
4. Menteri mencatat pelaksanaan Paten oleh Pemerintah dalam daftar umum Paten dan mengumumkannya;
5. Pengumuman dilakukan melalui media elektronik.